Для управління фанкойлами, в яких система управління не встановлена виробником - а це, як правило, канальні і підлого-стельові серії, пропонується модельний ряд дротових контролерів з вбудованим термодатчиком, які часто називають також термостатами. За типом керуючої панелі їх можна розділити на механічні та електронні. Для всіх типів фанкойлів можна організувати групове управління, але при цьому встановлюється зовнішній електронний комплект, що підключається до центрального контролера.
